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きくらげ観察日記

好きなことを、適当に。

Smith-Waterman法で配列の局所アラインメントを求める

今度は局所アラインメントを求めます。 前回の大域アラインメントと違って、今度は最も一致度の高い部分文字列を求めるアルゴリズムになります。 type alignment = char option list let maximums_by (key : 'a -> 'b) (lst : 'a list) : 'a list = let rec …

Needleman-Wunsch法により配列の大域アラインメントを求める

アラインメントとは、2つの配列s, tに欠損記号「-」を挿入して、出来る限り2つの一致度が高くなるように並べたものです。 例えば、2つの文字列"ABCD"と"ACDE"があったとき、これは1つめの文字列から'B'を削除して末尾に'E'を挿入たものだと考えるのが自然で…

Basic認証の方法を理解する

Basic認証は数あるHTTPの認証方法の中でも最も簡単なものです。認証方法は、ユーザー名とパスワードをコロンで繋いだものをbase64でエンコードし、Authorizationヘッダの値に"Basic (先ほど作った文字列)"をセットするだけです。アホみたいに簡単なので、不…